La Sociedad Chilena de Oftalmología se organiza a través de :

• La Directiva Nacional: con sede en Santiago, es la autoridad máxima de la Sociedad y conforma el Directorio de la Sociedad.
• Las asambleas generales ordinarias y extraordinarias.
• Las directivas de las sociedades regionales adosadas que tienen las facultades fijadas por los estatutos en el ámbito de su jurisdicción geográfica.
• El Comité de Ética: es un organismo permanente de la Sociedad Chilena de Oftalmología que funda su acción en el Código de Ética de la Sochiof, el Código del Colegio Médico de Chile y en los principios por el Colegio en sus convenios internacionales de ética médica (Declaración Universal de Derechos Humanos, Convención Sobre Los Derechos del Niño, Código de Nuremberg, Declaración de Helsinki, de Ginebra y de Nueva York, entre otros).
• Los Capítulos: Bienestar, Científico, Joven, Mujer.
• Las sociedades de subespecialidades: son asociaciones de médicos oftalmólogos con objetivos académicos sin fines de lucro, cuyo objetivo es desarrollar alguna de las especialidades o subespecialidades de la oftalmología. Actualmente son las sociedades de: Glaucoma, Oculoplástica, Oftalmopediatría y Retina. Todos sus integrantes son socios activos de la Sociedad Chilena de Oftalmología.
• Las sociedades regionales: representan a la especialidad médica oftalmológica en el ámbito regional respectivo.